Маховик нужен для плавности работы двигателя. Он накапливает кинетическую энергию. так же на нем есть зубья, которые входят в зацепление со стартером. Поставить не той стороной можно, но скорее всего он не зайдет в зацепление со стартером или упрется во что нибудь. Можно не правильно отцентрировать, тогда он будет давать вибрацию (дисбаланс). ещё при неправильной центровке может подклинивать стартер или проскальзывать (надо очень сильно промахнуться). А вообще маховик обычно балансируют в сборе с коленчатым валом. Если снимаешь и ставишь на то же место, то ставить желательно по заранее сделанным меткам (перед съёмом).